На фоне кларитромицина (ингибирует CYP450) увеличивается концентрация в крови, повышается вероятность негативного действия на сердце: на ЭКГ удлиняется интервал QT, возможно развитие желудочковой тахикардии и даже фатальной фибрилляции желудочков; совместное назначение противопоказано.
Одновременное применение с кларитромицином (ингибитор CYP3A4) может ослаблять метаболизм трабектедина (метаболизируется в основном CYP3A4) и повышать концентрацию трабектедина в крови. При необходимости совместного применения следует тщательно контролировать развитие токсичности.