Индуцирует CYP4503А, усиливает биотрансформацию и может снижать содержание в тканях; совместное применение требует контроля концентрации циклоспорина в крови.
На фоне флуконазола (замедляет биотрансформацию) увеличивается концентрация рифабутина в крови; совместное применение может приводить к развитию увеита. Больных, одновременно получающих рифабутин и флуконазол, необходимо тщательно наблюдать.
Ускоряет биотрансформацию и значительно снижает плазменный уровень итраконазола и его активного метаболита гидроксиитраконазола; совместное назначение не рекомендуется.